Con la conquista española llegó la evangelización y con ella las fiestas religiosas en honor a los santos de la Iglesia. Esta labor se comenzó de inmediato. Según el presbítero e historiador Manuel A. Bueno, la primera vez que se dio culto a Dios fue el 15 de agosto de 1.537, día de La Asunción, a pocos meses de la fundación de Popayán, en una capilla pajiza, cuya ubicación exacta se desconoce, pero se cree que se levantó en el sector de Tulcán, en donde los ibéricos encontraron una pequeña población indígena, a la que sacaron de sus viviendas para asentarse allí. Acerca del sitio en donde se efectuó la fundación de la ciudad y se comenzó a poblar, hay versiones distintas. Unos historiadores señalan que fue en las faldas del Cerro de La Eme o de las Tres Cruces. Otros en cambio, sostienen que fue en la plaza principal, luego llamada Parque Francisco José de Caldas, en homenaje a este eminente botánico, astrónomo y mártir de la independencia.

La imposición de la religión católica fue el propósito primordial de los conquistadores, que llegaron acompañados de sacerdotes evangelizadores. Cada poblado fundado se consagraba a un santo patrono. En torno a esas celebraciones congregaban a los nativos, en quienes se inculcaba la fe religiosa. Una de las expresiones de esa devoción eran las procesiones presididas por el clero. Refiriéndose al origen de esos desfiles sacros, el historiador José María Arboleda Llorente anota en sus escritos que éstos eran la reproducción de los tradicionales de Europa en la Edad Media y particularmente de España. El mismo autor añade que la piedad familiar de algunos de los vecinos dotaba de nuevas imágenes a la iglesia del lugar, y en la celebración de la fiesta patronal era la procesión a lo largo de las vías públicas parte integrante de la ceremonia religiosa. A medida que la población crecía en importancia y riqueza, ganaba en solemnidad el culto religioso. A través de los años y de las generaciones, con la erección de nuevos templos, capillas y oratorios, se conmemoraban con pompa esas manifestaciones religiosas. Sobre el inicio de las procesiones de Semana Santa de Popayán, que son la expresión popular más antigua de Colombia, no se puede hablar de una fecha exacta. Sin embargo, de los relatos históricos se colige que se iniciaron a los pocos años de fundada la ciudad. Al parecer su origen se remonta a 1.556. Esta celebración se fue convirtiendo en el principal elemento de socialización de los pobladores. Durante casi cinco siglos los payaneses han llevado en hombros una tradición basada en valores familiares y en el sentido de pertenencia a una comunidad. José María Vergara y Vergara, en su descripción de las Procesiones de Popayán en 1.857, decía... "El pueblo cristiano se prepara para asistir a los oficios y deja a un lado todo negocio desde el Domingo de Ramos. El lunes, por lo tanto, no está ausente nadie de su casa cuando llega el Anima Sola a entregar una papeleta y las ceras..."

A lo largo de su historia y pese a las vicisitudes por las que ha atravesado Popayán, especialmente a causa de las guerras intestinas, no se han dejado de celebrar sus procesiones porque ellas constituyen, además de una manifestación masiva de culto católico, una tradición que nació con la ciudad y se fue enriqueciendo. El elemento artístico esencial de esta conmemoración es su imaginería por medio de la cual se recrean los personajes y las escenas de la Pasión, Muerte y Resurrección de Jesucristo. Alrededor de esta festividad se congrega toda la comunidad sin distingo alguno, y la ciudad muestra en todo su esplendor una invaluable herencia que ha mantenido y defendido con ardor durante su existencia.
En la historia de las procesiones nos encontramos con que los mayores aportes a esa tradición se dieron del siglo XVI al XVIII. En el XIX, en cambio, no se registra mayor contribución. Ese estancamiento se debió a las guerras de Independencia, seguidas de múltiples conflictos intestinos. La inestabilidad política, económica y jurídica que se presentó en aquella época, también afectó la principal celebración de Popayán, cuyo auge en las centurias anteriores se debió a la prosperidad económica de la región, especialmente en el siglo XVIII. Las primeras décadas del siglo XX, no fueron muy distintas a las del período inmediatamente anterior. Con la llamada crisis de los años treinta, la situación económica de Colombia se agravó. Esa circunstancia impidió que se le prestara atención a la celebración de las procesiones, las cuales cayeron en un peligroso letargo. La voz de alerta la dio en 1.937 el Maestro Guillermo Valencia, quien decidió conformar una Junta Cívica que se encargara de preservar esa tradición, la cual fue integrada por el propio poeta, además de Carlos Angulo Arboleda, Nicomedes Arce, Luis Antonio Bonilla, Julia Lenis de Otero, Rosita Cajiao Wallis, Matilde Olano de Fernández, Adelaida Chaux de Ayerbe, Fernando Olano Angulo, Ligia García de Sarria, Carmelita Montúa de Bonilla, Mercedes Pardo de Simmonds, Prima Mosquera de Estrada, Hernando Rojas, Francisco Velasco Navas y Edgar Simmonds Pardo.

En 1.939 dicha Junta recibió el reconocimiento oficial a través de la Ordenanza número 14 emanada de la Asamblea del Cauca. Al nuevo organismo se le dio el nombre de Junta Permanente Pro Semana Santa. En ella siguieron actuando las personas que habían sido designadas en 1.937, bajo la presidencia honoraria y vitalicia del Maestro Valencia. La labor de la nueva institución permitió darle a la celebración una organización de la que carecían las procesiones. Se reglamentó la participación de los personajes, como cargueros, síndicos, regidores y sahumadoras, quienes debían observar estrictas normas. A la tarea desarrollada por la Junta desde su nacimiento, se debe que las procesiones sean hoy una de las festividades populares más importantes de Colombia, con reconocimiento internacional. En el siglo XX, positivo por excelencia para esta conmemoración payanesa, se logró trascender y se reflexionó acerca de esta celebración, que, además de su carácter religioso, posee una gran riqueza cultural y artística, la cual constituye un patrimonio no sólo de Popayán sino de Colombia, con incalculable valor inmaterial, el que a su vez es fuente de desarrollo material para los habitantes de la región. Con esa visión comenzó a actuar a finales de los años 90 la Junta Permanente Pro Semana Santa. Entendió que en la globalización y la apertura de mercados, también tenían cabida los frutos de la creatividad colectiva, y que por lo tanto las expresiones culturales y artísticas entraban a formar parte del comercio globalizado. Con ese presupuesto no dudó en aceptar la invitación de la Unesco, que en 1.999 concibió un reconocimiento para exaltar las tradiciones orales e inmateriales de la humanidad. Durante un año preparó, con la colaboración de profesionales en distintas disciplinas, la documentación en la que basaba la nominación de las procesiones de Popayán para aspirar a ese galardón, deseo que fue respaldado por el gobierno nacional, el cual la presentó en nombre de Colombia. Las procesiones de Popayán tuvieron excelente acogida y comentarios en el seno de la Unesco, cuyos más importantes funcionarios conocieron en su propio escenario esta tradición. El jurado designado por ese organismo se inclinó a favor de otra postulación, y la candidatura de Popayán sigue vigente para el año 2.003. A pesar de no haberse obtenido el reconocimiento como Patrimonio Oral e Inmaterial de la Humanidad en la primera versión, esa postulación sacó a las procesiones del ámbito meramente local y les abrió importantes puertas internacionalmente, no sólo con el fin de preservar esta tradición, sino también para desarrollar actividades socioeconómicas a su alrededor. Con un manejo gerencial y una mayor visión, que no se reducen exclusivamente a sacar cada año las procesiones en su recorrido ritual, la Junta Permanente Pro Semana Santa de Popayán, se ha comenzado a proyectar a la comunidad con el propósito de recuperar la tradición artesanal, tan estrechamente ligada a la celebración religiosa. Así lo entendió la Unesco, que paralelamente a la presentación de la candidatura de las procesiones al reconocimiento como Patrimonio Oral e Inmaterial de la Humanidad, se propuso contribuir a la cualificación de los artesanos del Cauca, a través de un programa de capacitación con la cooperación de la Fundación Ford, bajo la dirección de la Junta.